Le sedi della Scuola Media sono due: quella di Serravalle, situata nel centro storico dell'omonimo castello in Via Balducci n° 18, e la sede di Fonte dell'Ovo, situata sulle pendici occidentali del Monte Titano in Via Campo dei Giudei n° 33.
La sede di Fonte dell'Ovo, fino all'anno scolastico 2012-2013, ha ospitato sia la circoscrizione di Città che quella di Fiorentino, in due ali distinte dello storico Palazzo degli Studi. Nell'anno scolastico 2013-2014 queste due entità istituzionali sono state definitivamente unificate.
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